El laboratorio de Genética Molecular de la Universidad Austral de Chile Sede Puerto Montt, forma parte del Instituto de Acuicultura, y desarrolla principalmente actividades de investigación asociada a proyectos Fondecyt, Innova Corfo, Fic-Regional y Fondef.
En dicho laboratorio, a cargo de la Dra. Marcela Astorga, se realizan análisis molecular enfocado en responder preguntas de genética de poblaciones y evolutiva de organismos acuáticos. Esto se ha realizado para apoyar a resolver problemáticas de la acuicultura y pesquerías.
Se ha desarrollado la aplicación de la genética molecular para la acuicultura, mediante la identificación de estructura de poblaciones, fuentes de dispersión larval, identificación larval, estimación de tamaños efectivos, conectividad y medidas de variabilidad de stocks, entre otros. Estas áreas se han desarrollado con mayor énfasis en moluscos del grupo mitílidos y otras familias de moluscos de importancia comercial.